回歸龍山的「升東大專業顧問」櫻木建二成立了「東大專班」，也招收到兩名學生：早瀨菜緒和天野晃一。二人立刻開始為應考而做準備。他們面對的第一項考驗就是試作中心考試的考古題，一則分析目前的學力，二則藉此研擬對策；然而這兩個學生卻做出令人意想不到的行為，令負責監督班級營運的水野直美一時慌了手腳。另一方面，龍山的教員們因櫻木的出現而分成了兩派意見――「舊校舍派」和「新校舍派」之間的對立日漸尖銳，使得整個校園陷入動盪不安的氣氛。就在這樣的氣氛中，一句「失敗的時候就要笑」，讓東大專班的教室裡傳出爽朗響亮的笑聲。隨著櫻木亮出考取東大的王牌「應考矩陣」，故事的節奏開始緊湊起來！為「東大特訓班」的二部曲!!!
