佛格斯.克萊恩只是個平凡的小男孩,爸爸不知何故失蹤了,媽媽辛苦在麵包店工作,兩人相依為命;因為沒什麼錢,所以只好上「船上學校」,雖然這所學校的老師都怪怪的!某天,一個奇怪的小盒子飛到他窗前,裡頭藏了一封信,寄件人宣稱是他已經失去聯絡多年的伯伯。這個神祕飛盒子,以及接下來出現的自動午餐盒,還有不斷提到的警告訊息,讓他開始和神祕伯伯保持聯絡,然後有一天,一隻機械飛馬來到他的窗前……搭上飛馬,他飛過千山萬水,來到伯伯的祕密基地,看到三隻會說話的企鵝、一隻會複製圖案的疾行蟲,以及──他爸爸生前最後一趟航程的日誌。謎底一一揭曉,老師竟然是海盜,而且他的同班同學正被這群海盜載往神祕島嶼。伯伯雖然警告他不要輕舉妄動,但他還是忍不住出手了。他能從海盜手中救回朋友嗎?他還在那遙遠的島上遇到了什麼人?