靈峯智旭倡三學一源論，認為禪宗、教宗、律宗三學應該相互為用，不當分河飲水；又提出「儒釋同歸」，且註解四書、周易；但是他最終的歸趣則在淨土法門。智旭的佛學深受天臺宗學說影響，以一念統攝教禪各家，而最終則歸於念佛的當下之念。智旭不但要把諸宗導歸淨土，還試圖論證諸宗本來就出自淨土，「若律、若教、若禪，無不從淨土法門流出，無不歸還淨土法門」。智旭在《法海觀瀾》中摘抄出二十三種五十五卷與淨土有關的經典，為淨土法門尋找依據。念佛三昧論是智旭的中心思想。他基於「心佛眾生，三無差別」的理念，主張一切佛法，無不歸於念佛三昧：廬山慧遠念阿彌陀佛的果報莊嚴，念的是他佛；西天二十八祖，天臺智者觀心修禪，念的是自性佛；永明延壽及楚石梵琦等所倡導的念佛法門，用觀諸佛果位的依正莊嚴，以顯人心內的理體智慧，悟到心佛眾生三無差別，叫做雙念自他佛。其要點在於通過觀已成就的諸佛，來促使自己內心之佛的顯現。但是智旭真正心儀的，還是持名一法。
