《中醫臨床辨惑》以提高中醫基礎科學理論指導下的辨證論治臨床思維為宗旨，包括了十二個專題。前幾個專題討論了中醫學的科學定位以及《黃帝內經》藏象、病機理論與《傷寒雜病論》的同一性。接著討論了中醫臨床思維中存在的問題，重點論述了中醫臨床辨證論治的思維程式和臨床應用。后幾個專題以提高臨床辨證論治的思維水平為目的，列舉內、婦、兒科的具體疾病為實例，圍繞中醫臨床理論思維的特色與優勢，臨床運用與實踐體會。進行了廣泛、深入的討論。
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