針對臺灣各國際港埠因受到內、外部環境不利因素的影響而呈現成長相對停滯的問題，本研究參考國內外貨櫃港埠之創新管理策略，從創新管理的觀點，尋求突破性的港埠創新策略。經由策略規劃分析，發現依港埠的組織、投入、過程、產出與市場等五大領域所認定之八大創新策略中，以港務局公司化的組織創新最為緊要，其次就是自由貿易港區的服務加值化創新策略。就港務局組織創新方面，本研究建議依「政企分離」的原則，由交通部成立「航港局」，於各港設派出單位的分支機構，接管各港務局的航政監理與港政監理業務；另由交通部成立「國營臺灣港務股份有限公司」為母公司，再由其轉投資於四個國際商港設立港務公司為子公司，負責各港的港政建設、營業用土地之使用與經營，以及港埠事業的經營等事權。完成此一公司化的組織改造後，再適時結合國內航商進行多國化的港埠投資與經營。在民營化的部分，本研究建議暫停「自由民營化」的開放作法，而改採「民營公司化」的模式，開放港務公司以「官股不過半」的方式參與民營公司的經營。另外在自由貿易港區的政策上，本研究建議進一步研議發展具「境外關外」特性的「自由經貿特區」的可行性，以突破國內法律的束縛。至於機械自動化、資訊技術化與作業效率化等屬於投入產出技術面的創新策略，雖係由業者自行啟動，但仍需賴政府在通關自動化的程序改造上加以配合，才能發揮其成效。
