本書書名來源有二。其一，十七世紀的荷蘭人將西吉嶼標示為「傷心的島（t’verdrietichEyl.）」，在《十七世紀荷蘭人繪製的臺灣老地圖》一書，內文提及：「有些島嶼則是以曾經發生的事件來命名，例如海盜的島、傷心的島、危險的島等。」此外，康培德（2018）分析荷蘭東印度公司在臺灣所使用的紀念性地名，包含有船隻名稱、人物名、地理名和事件屬性名稱，其中的船隻名稱和事件屬性名稱，與在地關聯較強，且與悲劇事件有關。種種跡象，在在顯示「傷心的島」背後必有一段不為人知的故事。而由後來清代方志和日本水路部所描述的海勢之險，以及近代所肇生的船難事件，「傷心的島」或與船難事件有所關聯。其二，《澎湖廳水產基本調查報告書》描述西吉嶼為：「該嶼位於東吉嶼西方二浬半，係如心臟形狀的小島，……。」本書在撰述和繪圖過程，整合諸多西吉嶼地圖，但在閱讀該報告書後，才會心西吉嶼島型確如心臟。對於外人來說，西吉嶼或許孤懸海隅、海勢凶險，但島民對於該處海流、暗礁俱都熟悉，摸索著與「海」「島」共生之道、累積著豐饒的「地方知識」。於外，那可能是座傷心的島，於內，那是島民的家鄉，即使這些年人去島空，可昔日的傷心故事化成鄉愁，漂浮於腦海、聚斂於廟宇、回味於圖像和言談，而傷心也就不怎麼傷心，人們還是繼續往前走。由前二文，以及島民對於家鄉的情感，遂成本書書名「刻鏤於心的島嶼」。
